Dimulai dengan Train of Thought, Dream Theater sudah memulai memasukkan elemen - elemen kecil dan tersembunyi di musik mereka, dan memuat elemen tersebut kepada peminat yang lebih fanatik. Karakteristik yang paling terkenal (yang biasa disebut "nugget") tersembunyi di "In the Name of God", yang merupakan sandi morse dari "eat my ass and balls" (makan pantatku dan penisku), yang merupakan kata - kata terkenal dari Mike Portnoy. Sejak saat itu, banyak peminat - peminat Dream Theater mulai berusaha menemukan hal - hal kecil yang biasanya tidak menarik bagi peminat biasa.
Beberapa dari teknik mereka yang terkenal termasuk: